Папская комиссия «Ecclesia Dei» («Церковь Божия») была создана Иоанном Павлом II в motu proprio от 2 июля 1988 года, которая, «сотрудничая с епископами и с дикастериями Римской Курии, а также с заинтересованными кругами, будет иметь задачей облегчить полное церковное общение священникам, семинаристам, монашеским общинам и отдельным их членам, до настоящего времени различным образом связанным с Братством, основанным архиепископом Лефевром, и желающим остаться в единстве с Преемником св. Петра в Католической Церкви».
В силу полномочий, предоставленных Верховными Понтификами, Папская комиссия осуществляет власть Святого Престола над различными институтами и монашескими общинами, которые используют свой «истинный обряд», «экстраординарную форму» римского обряда, и придерживаются предыдущих традиций религиозной жизни.
Папская комиссия заботится и способствует осуществлению пастырской заботы о верующих, являющихся приверженцами предыдущей латинской литургической традиции, которые присутствуют в различных частях мира, и которые находят в ней опорную точку для своих потребностей.
В Апостольском послании «Summorum Pontificum» («Заботой Верховных Понтификов»), опубликованном в motu proprio 7 июля 2007 года, Его Святейшество Папа Бенедикт XVI расширил сферу полномочий Папской комиссии, утвердив, что «та же комиссия, кроме уже имеющихся у нее полномочий, будет осуществлять власть Святого Престола, надзирая над соблюдением и применением данных распоряжений» (ст. 12).
В том же Апостольском Послании Святейшего Отца Бенедикта XVI оговаривается, что Комиссия «будет иметь форму, обязанности и нормы, которые пожелает придать ей Римский Понтифик» (ст. 11).
В motu proprio «Ecclesiae Unitatem» («Единство Церкви») от 2 июля 2009 года, Его Святейшество обновляет структуру Папской комиссии «Ecclesia Dei», чтобы адаптировать ее к новой ситуации, возникшей из-за снятия отлучений (21 января 2009 г.) четырех епископов, рукоположенных архиеп. Лефевром. Это снятие отлучений стало решением, относящимся к области канонической дисциплины, и было направлено на то, чтобы освободить этих людей от груза тяжелейшего из церковных наказаний, но все же с осознанием того, что доктринальные вопросы остаются, и пока они не будут решены, «Братство св. Пия X» не имеет канонического статуса в Церкви и его члены не могут законно исполнять какое-либо служение. Поскольку вопросы по своей сути имеют доктринальную природу, Святой Отец принял решение соединить Папскую комиссию «Ecclesia Dei» с Конгрегацией вероучения.
Согласно motu proprio, Папская комиссия «Ecclesia Dei» сохраняет свою нынешнюю форму с некоторыми изменениями в структуре:
1) Председателем Комиссии является префект Конгрегации вероучения;
2) Комиссия имеет свой собственный состав должностных лиц, включая секретаря и сотрудников;
3) Председателю с помощью секретаря надлежит представлять основные обстоятельства и вопросы доктринального характера на изучение и рассмотрение ординарных органов Конгрегации вероучения (советники и члены обычных и пленарных заседаний), а также вверять сделанные заключения высшему суждению Верховного Понтифика.
В motu proprio Святой Отец пожелал явить свое личное и отеческое попечение о «Братстве св. Пия X», чтобы преодолеть трудности, которые сохраняются до сих пор, и чтобы оно смогло войти в полное общение с Церковью.
Президент – Его Высокопреосвященство монс. Герхард Людвиг Мюллер.
Вице-президент – Его Высокопреосвященство монс. Джозеф Августин Ди Нойа.
Секретарь – преп. монс. Гуидо Поццо.
Ранее президентами были:
Пауль Майер, O.S.B. (2 июля 1988 — 1 июля 1991);
Антонио Инноченти (1 июля 1991 — 16 декабря 1995);
Анджело Феличи (16 декабря 1995 — 13 апреля 2000);
Дарио Кастрильон Ойос (14 апреля 2000 — 8 июля 2009);
Уильям Левада (8 июля 2009 — 2 июля 2012);
